يتكون مكتب الأمين العام من الشعب الآتية:

أولاً: شعبة السكرتارية: تتألف من الوحدات الآتية: 

1-وحدة السكرتارية: ومن مهامها:

أ- تحديد المواعيد الخاصة بالسيد الأمين العام المحترم.

ب- تقديم البريد إلى السيد الأمين العام المحترم ومن ثم تسليمه إلى الشعبة الإدارية بعد إكمال إجراءاته.

ث-تبليغ الأقسام بالتوجيهات الصادرة من السيد الأمين العام المحترم ومتابعة تنفيذها.

ت-تنسيق إدخال العجلات الخاصة بالعتبة المقدسة وضيوفها عن طريق مداخل محافظة النجف الأشرف والمحافظات الأخرى بوساطة وحدة التنسيق المشترك والإشراف على عمل الوحدة المذكورة.

2-وحدة المقررية: ومن مهامها:

أ-تنظيم جدول الأعمال الأسبوعي.

ب-طباعة قرارات مجلس الإدارة ومتابعة تنفيذها.

ت-متابعة تنفيذ المذكرات الصادرة من اجتماعات المجلس الموقر.

ثانياً: الشعبة الإدارية: تتألف من الوحدات الآتية: 

1-وحدة المخاطبات الداخلية وشؤون المنتسبين والحفظ: ومن مهامها:

  • عمل مسودات المذكرات الداخلية والاعمامات ومتابعتها.
  • تنظيم متعلقات شؤون المنتسبين كافة من طلبات ومذكرات داخلية وإجازات واستراحات وغيرها مع الحفظ.
  • تفريق القرارات وكتب الشكر والكتب الخارجية وحفظ أولياتها.

2-وحدة الحكومة الإلكترونية: ومن مهامها:

  • متابعة المذكرات الواردة عبر برنامج الحكومة الإلكترونية ومتابعة الهوامش التي تجري عليها.
  • طباعة المذكرات الداخلية التي تحتاج الى إجراء من المكتب والمتمثلة بـ (تنظيم أمر إداري أو تنظيم كتاب خارجي أو تنظيم كتب الشكر).
  • متابعة طلبات الإيفاد الواردة من الأقسام والموافقات الحاصلة عليها وتنظيم الأوامر الإدارية الخاصة بها.

3-وحدة الأرشفة الإلكترونية: ومن مهامها:

أ- أرشفة وحفظ القرارات والكتب الخارجية كافة الخاصة بالعتبة العلوية المقدسة.

ب-أرشفة وحفظ جميع الطلبات والكتب الواردة إلى العتبة العلوية المقدسة (الوارد الخارجي) بعد هامش السيد الأمين العام المحترم.

4-وحدة التدقيق الإداري واللغوي: ومن مهامها التدقيق الإداري واللغوي للأوامر الإدارية وكتب الشكر والكتب الخارجية الصادرة من العتبة المقدسة بعد الاطلاع على الأوليات كافة.

5-وحدة طباعة الكتب الخارجية والأوامر الإدارية وكتب الشكر والتقدير: ومن مهامها:

  • أ-تنظيم مسودات الأوامر الإدارية في برنامج الحكومة الإلكترونية.
  • ب-تنضيد وطباعة الكتب الخارجية وكتب الشكر.

6-وحدة متابعة ذاتيات الأقسام والشعب والوحدات المستقلة: ومن مهامها:

أ- الزيارات الميدانية لذاتيات الأقسام.

ب- إقامة ورشة عمل شهرياً لتوضيح الأمور المستجدة والقرارات والأوامر الإدارية والاعمامات كافة.

ت- إقامة دورات المخاطبات الإدارية لذاتيات الأقسام.

7- وحدة البريد: ومن مهامها توزيع القرارات والكتب الخارجية والمذكرات الصادرة من مقرر اجتماع مجلس الإدارة فضلاً عن بريد شعب المكتب.

 8- وحدة الصادر والوارد: ومن مهامها استلام وتوريد وتصدير وأرشفة البريد الخارجي.

ثالثاً: شعبة المتابعة: تتألف من الوحدات الآتية:

  1. وحدة الذاتية.
  2. وحدة متابعة الأوامر الإدارية.
  3. وحدة متابعة الطلبات الداخلية والخارجية.
  4. وحدة غدير.
  5. وحدة رعاية شؤون الفقراء والأيتام.

ومن مهام الشعبة ما يأتي:

  1. متابعة التوجيهات والضوابط كافة الصادرة من الأمانة العامة لضمان تطبيقها فعلياً في الأقسام والشعب والوحدات المستقلة ومنتسبيها.
  2. متابعة الطلبات الخاصة بمنتسبي العتبة العلوية المقدسة وكذلك الطلبات الخارجية الخاصة بالمواطنين بحسب توجيه السيد الأمين العام المحترم.
  3. تجهيز العوائل المتعففة بالسلات الغذائية.
  4. متابعة بعض متطلبات الأقسام والشعب والوحدات المستقلة التي تحتاج إلى إجراءات سريعة.

رابعاً: شعبة الباجات المركزية: وتتألف من الوحدات الآتية:

  1. وحدة طباعة هويات ضيف العتبة العلوية المقدسة وباجات دخول السيارات إلى المدينة القديمة.
  2. وحدة تنظيم محضر مراسيم فتح شباك الضريح المقدس.
  3. وحدة الباجات الخاصة بصحن فاطمة الزهراء (عليها السلام).

خامساً: شعبة المنافذ الحدودية: تتألف من الوحدات الآتية:

  1. وحدة الذاتية والمتابعة.
  2. وحدة المنافذ الجنوبية.
  3. وحدة المنافذ الشمالية ومنفذ زرباطية الحدودي.

والشعبة تعنى بمتابعة متعلقات العتبة العلوية المقدسة في المنافذ الحدودية للبلاد وإدخال المواد التابعة لها وكذلك استحصال موافقات الإعفاءات الكمركية والضريبية من وزارة المالية (الهيأة العامة للضرائب والهيأة العامة للكمارك).

سادساً: شعبة مجمع دار ضيافة الإمام الحسن (عليه السلام): تتألف من الوحدات الآتية:

  1. وحدة الاستقبال: استقبال الضيوف وتنسيق إجراءات السكن.
  2. الوحدة الخدمية: تهيئة وتنظيف الغرف والصالات الخاصة بالمجمع وإعداد الطعام وتوزيعه.
  3. وحدة الصيانة: صيانة عطلات الماء والكهرباء في المجمع.

سابعاً: شعبة التشريفات: تتألف من الوحدات الآتية:

  1. وحدة إدارة دار الضيافة.
  2.  وحدة استقبال الضيوف.
  3. الوحدة الخدمية.